В морфемном составе сложного слова мухомор имеются два корня, соединительная гласная, суффикс и окончание.
Морфемный анализ существительного мухомор следует начать с его образования. Оно возникло в результате сложения с помощью соединительной морфемы -о- двух слов: существительного муха и глагола морить. При словообразовании от производящего глагола отсечены суффикс и окончание и использовался только корень -мор-. В таком образовании слов принимает участие нулевой суффикс. Поэтому в морфемном составе существительного мухомор вычленим следующие минимальные значимые части:
мух-, -мор- — корни,
-о- — соединительная морфема,
нулевой суффикс, нулевое окончание.
Существительное мухомор имеет категорию мужского рода. В форме именительного падежа у него окончание нулевое, которое проявляется в падежных формах:
мухомор_ — нет мухомор-а, мухомор-у, о мухомор-е.
Вместо визуально видимых трех морфем в слове мухомор насчитаем пять значимых частей из-за наличия в нем двух морфем-невидимок.
Аналогичное морфемное строение имеют существительные:
пешеход (пеший + ходить), пылесос (пыль + сосать), пароход (пар + ходить), сталевар (сталь + варить) и пр.